Adekvatno finansiranje je uslov za nesmetano obavljanje redovnih sudskih i tužilačkih aktivnosti, kao i za provođenje reforme pravosudnog sistema. Adekvatno finansiranje je jedan od srednjoročnih prioriteta Evropskog partnerstva sa Bosnom i Hercegovinom i predstavlja jedan od strateških ciljeva definisanih Strateškim planom VSTVBiH za period 2007 - 2012. Svi troškovi pravosudnih institucija, sa izuzetkom neznatnog dijela koji se finansira iz donatorskih sredstava, finansiraju se iz budžeta koji su pod ingerencijom nadležnih zakonodavnih i izvršnih vlasti. Sredstva za Sud Bosne i Hercegovine i Tužilaštvo Bosne i Hercegovine planiraju se u budžetu zajedničkih institucija BiH. Dok se sve pravosudne institucije u Republici Srpskoj finansiraju iz budžeta Republike Srpske, sredstva za Vrhovni sud Federacije BiH i Tužilaštvo Federacije BiH obezbjeđuju se u budžetu Federacije BiH, a za ostale pravosudne institucije u Federaciji BiH u odgovarajućim kantonalnim budžetima. Finansiranje institucija Brčko Distrikta BiH je pod ingerencijom izvršne i zakonodavne vlasti Distrikta.
Zakon o VSTVBiH (član 17. stav 15. i 16.) definiše da VSTVBiH "učestvuje, prema vlastitoj ocjeni, u procesu izrade godišnjih budžeta za sudove i tužilaštva", a entitetski zakoni o sudovima eksplicitno navode:
- svi sudovi svoje budžetske zahtjeve dostavljaju VSTVBiH, a komentare VSTVBiH, ukoliko ih ima, dostavljaju nadležnom ministarstvu pravde zajedno sa budžetskim zahtjevima,
- ukoliko se nadležno ministarstvo ne slaže sa sudskim prijedlogom budžeta, o tome će podnijeti izvještaj VSTVBiH, te da će
- nadležno ministarstvo finansija, odnosno vlada, prije nego što izmijeni prijedlog sudskog budžeta, obaviti konsultacije sa VSTVBiH.
VSTVBiH primjenjuje iste budžetske procedure i za tužilaštva, a na osnovu nadležnosti propisanih Zakonom o VSTVBiH.
U okviru VSTVBiH djeluje Stalna komisija za sudske i tužilačke budžete koja se bavi svim pitanjima vezanim za budžete sudova i tužilaštava, te u tom smislu predlaže VSTVBiH donošenje relevantnih odluka.