Stručne, finansijske i administrativne poslove Vijeća obavlja Sekretarijat Vijeća.

Sekretarijat Vijeća ima  direktora, zamjenika direktora i šest (6) odjela.

• Odjel za planiranje i stratešku politiku
• Odjel za pravna pitanja
• Odjel za imenovanja
• Odjel za budžet
• Odjel za informaciono-komunikacijsku tehnologiju
• Odjel za administraciju i finansije
• Odjel za pravosudnu upravu
• Centar za sudsku dokumentaciju

Direktora imenuje i razrješava Vijeće u skladu s odredbama Zakona o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine (“Službeni glasnik Bosne i Hercegovine”, br. 19/02, 35/03 i 4/04).

• putem redovnih sastanaka sa zamjenikom direktora i na drugi način osigurava pravilnu koordinaciju aktivnosti svih odjeljenja Sekretarijata, i u slučaju potrebe predlaže Kolegiju i Predsjedništvu odgovarajuće mjere;
• izvještava Vijeće svaka tri mjeseca o stanju provedbe Strategije VSTV-a na način koji odobri predsjednik;
• u bliskoj saradnji sa zamjenikom direktora, osigurava da svi odjeli Sekretarijata, unutar raspoloživih resursa, imaju odgovarajuće osoblje, organizovano na način da mogu pružiti efikasnu podršku Vijeću i njegovim tijelima. Direktor, nakon konsultacija sa zamjenikom direktora, predlaže Kolegiju VSTV-a, ako je neophodno, izmjene Sistematizacije radnih mjesta;
• stalno prati internu radnu atmosferu i radne uslove u Sekretarijatu i ako je neophodno Kolegiju predlaže mjere za poboljšanje;
• izrađuje nacrt i predlaže neophodna interna pravila i propise u vezi sa pripremom i izvršenjem budžeta na usvajanje Vijeću;
• osigurava praćenje svih zakona, podzakonskih akata i internih propisa koji uređuju pripremu i izvršenje budžeta VSTV-a;
• predlaže Predsjedništvu preraspodjelu budžeta VSTV-a, ako je to neophodno, zbog izmjene prioriteta VSTV-a i/ili neočekivanih ušteda ili troškova tokom budžetske godine;
• izvještava Vijeće o izvršenju budžeta svaki mjesec, a na način kojeg odobri predsjednik;
• potpisuje ili ovlašćuje drugog uposlenog u Sekretarijatu da potpisuje dokumente neophodne za izvršenje budžeta VSTV-a;
• izrađuje nacrt i predlaže neophodna interna pravila i propise za pripremu i izvršenje budžeta projekata koje finansiraju donatori za usvajanje Vijeću;
• predlaže Predsjedništvu VSTV-a preraspodjelu budžeta projekata koje finansiraju donatori;
• osigurava praćenje svih relevantnih zakona, odredbi grant-sporazuma i internih propisa koji se odnose na izvršenje budžeta za projekte koje finansiraju donatori;
• izvještava Vijeće svakog mjeseca o pitanju izvršenja projekata koje finansiraju donatori;
• potpisuje ili ovlašćuje drugog zaposlenog u Sekretarijatu ili uposlenika na projektima da potpisuje dokumente neophodne za izvršenje budžeta projekata VSTV-a.

Direktor i osoba koju je on ovlastio imaju pravo da prisustvuju svim sjednicama Vijeća kao učesnici.

Direktor i osoba koju je on ovlastio nemaju pravo glasa na sjednicama Vijeća. Mogu iznijeti svoje mišljenje o svim tačkama dnevnog reda.
Direktor također može predlagati i stavljati tačke na dnevni red.

Direktor Sekretarijata VSTV BiH je Muhamed Tulumović.

Trenutno je 116 uposlenih koji Sekretarijatu omogućavaju efikasno obavljanje zadataka u skladu sa zakonom. Državne službenike u Sekretarijatu  imenuje i razrješava direktor u skladu sa odredbama Zakona o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine. Uposlenike Sekretarijata koji nemaju status državnih službenika imenuje  i razrješava direktor u skladu sa  zakonima Bosne i Hercegovine iz oblasti radnih odnosa.

Sva imenovanja u Sekretarijat reguliraju se članom 28. stav 2. Zakona o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine, dok član 51. stav 2. tog zakona regulira razrješavanje uposlenika Sekretarijata.
Direktor ili osoba koju on ovlasti je uvijek član komisije za izbor pomenute u članu 24. stav 2. Zakona o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine. Direktor odlučuje o prirodi i sadržaju javnog konkursa koji se provodi u skladu sa članom 26. stav 1. Zakona o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine. 

Vijeće u dogovoru sa Vijećеm ministara Bosne i Hercegovine odlučuje o plaćama uposlenika Sekretarijata.